RT-PCR je najprecizniji metod detektovanja virusa COVID-19. Labaoraatorija za zaštitu zdravlja i životinja pod okriljem FAO/MAAE već decenijama obezbeđuje pomoć zemljama da se primenom ove tehnike otkrivaju zoonotske (sa životinja na ljude) bolesti poput COVID-19 i Ebola virusa. Zahvaljujući obuci MAEE i Organiziacije za hranu i poljoprivredu FAO (eng. Food and Agriculture Organization) pri Ujedinjenim nacijama, naučnici iz dve laboratorije sada mogu sekvencioniranjem genoma da vrše karakterizaciju virusa koji izazaziva COVID-19. Ukoliko se bude unapređivala, ova tehnologija bi mogla da im omogući da otkriju poreklo virusa i ubrza praćenje konatakata i analizu prenošenja. Veterinarske laboratorije u Bosni i Hercegovini i Srbiji, zemljama u kojima je došlo do naglog porasta novooblolelih u poslednjih nekoliko nedelja, daju sve od sebe da pomognu predstavnicima ministarstava zdravlja u svojim zemljama da lokalizuju i obuzdaju širenje zaraze.
Nadogradnja postojeće tehnologije
Ono što svet danas prepoznaje kao RT-PCR (eng. real time reverse transcription–polymerase chain reaction) je u stvari nuklearna tehnologija koja se uveliko koristi za otkrivanje virusa koji prouzrokuje COVID-19. Fluorescentne boje koje se koriste u ovoj metodi služe za otkrivanje prisustva specifičnog genetskog materijala i tako obezbeđuju naučnicima da u kratkom periodu dobiju rezultate eventualnog prisustva virusa. Nadogradnjom ove tehnologije se omogućava sekvencioniranje celokupnog genoma što dobrinosi doprinosi boljem razumevanju virusa, npr. kom klasteru pripada, što omogućava da naučnici brzo brže otkriju kada i gde je neki pojedinac i zaražen njime. Ovo se sprovodi pomoću filogenetskog stabla koje pokazuje evolutivne veze virusa u pacijentu sa svim poznatim vrstama virusa.
„Saradnja u okviru jednog multidisciplinarnog kriznog tima i jednog zdravstvenog koncepta (sačinjenog od stručnjaka za zdravlje ljudi i životinja) nam je dala mogućnost da precizno ustanovimo iz koje zemlje dolazi virus i, u skladu sa tim, prilagodimo naše planove za njegovu kontrolu,“ rekao je Goran Čerkez, Pomoćnik ministra u Federalnom ministarstvu zdravlja u Bosni i Hercegovini. „Sekvencioniranje genoma nam omogućava da bolje razumemo sam virus, njegovu zaraznost i eventualne vremenske promene u samom virusu.“
Prema rečima Tanje Jovanović, virusologa i profesora na Medicinskom fakultetu Univerziteta u Beogradu, saradnja je izuzetno važna u naporima da se pomogne instutucijamainstitucijama javnog zdravlja da procene delotvornu intervenciju i planiraju moguće izmene u skladu sa promenama u samom virusu. Poređenje sekvencioniranja u Srbiji sa onim u susednim zemljama, omogućava bolju kontrolu virusa i samim time bolje predviđanje koje mere kontrole treba primeniti.
Podrška MAAE
Zahvaljujući pomoći MAAE preko mreže nacionalnih veterinarskih laboratorija poznatih kao VETLAB, Veterinarski fakultet Univerziteta u Sarajevu i Veterinarski specijalistički institut u Kraljevu u Srbiji, sada mogu da sprovedu sekvencioniranje celokupnog genoma virusa COVID-19. Podrška MAAE, kroz Program tehničke saradnje, je uključivala kurseve obuke, studijske obuke u drugim labaoroatiorijama upoznatim sa potrebnim tehnikama, kao i sve dodatne materijale vezane za COVID-19.
Na Veterinarskom fakultetu u Sarajevu je završeno sekvencioniranje celokupnog genoma iz uzoraka iz epicentra širenja virusa COVID-19. Na osnovu tih podataka je konstruisano filogenetsko stablo, koje je u kombinaciji sa drugim rezultatima, navelo naučnike na zaključak da postoje višestruke linije uvođenja virusa – odnosno da postoji više izdvojenih čvorišta širenja infekcije izvan zemlje.
„Na početku pandemije, veterinarske labaratorije su bile nešto spremnije u odnosu na labaratorijelaboratorije za zdravlje ljudi zato što smo već imali iskustva sa životinjskim i zoonotskim bolestima,“ rekao je Teufik Goletić, profesor Veterinarskog fakulteta u Sarajevu i šef LabaratorijeLaboratorije za molekularno-genetička i forenzička ispitivanja. „Razmenom informacija i primenom jednog zdravstvenog pristupa možemo da sarađujemo sa donosiocima odluka i tako bolje planiramo mere i kontrole, ali i da procenjujemo posledice COVID-19 virusa.“
Više od 13000 humanih uzoraka je testirano na Veterinarskom specijalističkom institutu u Kraljevu na COVID-19. Na početku pandemije je izdvojen RNK virusa i sprovedena njegova analiza sa sekvencioniranjem celovitog celokupnog genoma. Do sada je tako obezbeđeno 17 sekvencija genoma. U toku je sekvencioniranje genoma trenutno pozitivnih slučajeva na COVID-19 kako bi se utvrdilo da li je virus mutirao. Analizom prvog testiranja, naučnici su otkrili više različitih sojeva virusa COVID-19 u Srbiji koji potiču iz različitih zemalja.
„Samo sekvencioniranje genoma nije dovoljno jer moramo da naučimo kako ove sekvence i mutacije utiču na prenošenje, patogenizaciju i virulentnost i tako predvidimo u kojoj meri će vakcina biti efikasna“, reči su Dejana Vidanovića, virusologa Veterinarskog specijalističkog instituta u Kraljevu. „Zahvaljujući sekvencioniranju možemo da uočimo kako postoji veliki broj mutacija, ali još uvek ne znamo da li one menjaju patogene karakteristike virusa. Veliki broj ljudi radi na dešifrovanju genoma, i ako izvučemo prave zaključke, moći ćemo lakše da se borimo protiv virusa.“
Podaci dobijeni sekvencioniranjem genoma se unose u Nacionalni centar za biotehnološke informacije čime se naučnicima širom sveta omogućava nastavak istraživanja. Unošenjem posataka podataka dobijenih sekvencioniranjem celokupnog genoma u bazu, moguće je uspostaviti veze na globalnom nivou i tako doprineti obrazovanju potpunijeg i preciznijeg filogeneteskog stabla. Na taj način se virus može pratiti do određenog mesta uvođenja i njegove određene podvrste.
Originalni tekst i fotografije preuzete su sa sajta IAEA.org